win32apiの
user32.GetCursorPosとuser32.GetAsyncKeyStateを組み合わせて
左クリックした位置の座標を取得し,コンソールに出力するプログラム

下記は2回クリックして1回目が左上,2回目を右下とする矩形の座標を呼び出し元に返すプログラム

# -*- coding: utf-8 -*-

import ctypes
import time

def get_rectcordinate():

    # 構造体を定義
    class _pointer(ctypes.Structure):
        _fields_ = [
            (x, ctypes.c_long),
            (y, ctypes.c_long),
        ]

    # 構造体を初期化
    point_topleft = _pointer()
    point_bottomright = _pointer()

    ## 監視領域をクリックして取得------------------------------------------------------------------
    vk_leftbutton = 0x01 #マウス左ボタン Virtual Keyboad
    vk_esc = 0x1B # ESC Virtual Keyboad

    # 監視領域の左上をクリック
    print u"Click Leftbutton for Watch Area of Top-Left"

    while 1:
        if ctypes.windll.user32.GetAsyncKeyState(vk_leftbutton) == 0x8000: #0b1000 0000 0000 0000
            # 構造体のポインタを引数で渡す(参照渡し)
            ctypes.windll.user32.GetCursorPos(ctypes.byref(point_topleft))

            print "X:" + str(point_topleft.x) + ", Y:" + str(point_topleft.y) + "

"
            break
        elif ctypes.windll.user32.GetAsyncKeyState(vk_esc) == 0x8000:

            print "Canceled"
            break

    # 監視領域の右下をクリック
    time.sleep(0.2)
    print u"Click Leftbutton for Watch Area of Bottom-right"

    while 1:
        if ctypes.windll.user32.GetAsyncKeyState(vk_leftbutton) == 0x8000: #0b1000 0000 0000 0000
            # 構造体のポインタを引数で渡す(参照渡し)
            ctypes.windll.user32.GetCursorPos(ctypes.byref(point_bottomright))

            print "X:" + str(point_bottomright.x) + ", Y:" + str(point_bottomright.y) + "

"
            break
        elif ctypes.windll.user32.GetAsyncKeyState(vk_esc) == 0x8000:

            print "Canceled"
            break

    return ((point_topleft.x, point_topleft.y, point_bottomright.x, point_bottomright.y))